Școala Doctorală de Teologie a fost înființată în anul 1996, potrivit legislației în vigoare la acel moment, cu doi îndrumători, Pr. prof. univ. dr. Dumitru Abrudan, disciplina Studiul Vechiului Testament, și Arhid. Prof. univ. dr. Constantin Voicu, disciplina Patrologie și literatură postpatristică. Cei doi profesori își desfășurau activitatea didactică, în paralel, la Facultatea de Teologie “Andrei Șaguna”, Universitatea “Lucian Blaga” din Sibiu și la Facultatea de Teologie Ortodoxă ”Episcop Dr. Vasile Coman”, Universitatea din Oradea. Așadar, aveau posibilitatea, permisă de legislația vremii, să conducă doctorat în două centre universitare. În anul 2005 legislația s-a modificat, așa încât conducătorii de doctorat puteau să desfășoare activitate doctorală doar în universitățile unde erau titulari. Întrucât nu existau alți profesori, care, în anul 2005, să îndeplinească criteriile legale pentru a conduce doctorat, activitatea Școlii Doctorale de Teologie de la Oradea s-a încheiat.

În anul 2018, ca urmare a demersurilor făcute de conducerea Facultății de Teologie Ortodoxă “Episcop Dr. Vasile Coman”, s-a reînființat domeniul de doctorat Teologie, în cadrul Școlii Doctorale de Filologie (OM 4154/23.07.2018). Și-a continuat activitatea la Scoala Doctorală de Științe Umaniste și Arte, unde s-a adăugat și domeniul de doctorat Muzică, iar acum, domeniul de doctorat Teologie își desfășoară activitatea de cercetare științifică în cadrul Școlii Doctorale de Studii Interdisciplinare, școală care stă, nemijlocit, în grija Consiliului Studiilor Universitare de Doctorat, Universitatea din Oradea. În prezent, durata studiilor doctorale este de 4 ani. Activitatea se desfăşoară pe baza unui plan de învăţământ cuprinzând discipline obligatorii şi opţionale, precum şi activităţi de cercetare şi elaborare a unor lucrări ştiinţifice. Sistemul european de credite transferabile (ECTS) asigură doctorandului mobilitate internă şi externă, precum şi participarea la programe naţionale şi internaţionale de cercetare ştiinţifică.

Şcoala Doctorală de Studii Interdisciplinare organizează studii de doctorat în domeniul Teologie, mai exact în următoarele discipline teologice:

• Teologie Dogmatică
• Patrologie şi literatură postpatristică
• Istorie bisericească universală
• Muzică bisericească
• Omiletică
• Studiul Vechiului Testament
• Studiul Noului Testament

Studiile universitare de doctorat promovează interdisciplinaritatea, co-tutela internă şi internaţională. Programele de studii asigură dobândirea de cunoştinţe şi competenţe generale şi de specialitate, precum şi a unor abilităţi cognitive specifice. Cunoştinţele generale se referă la acumularea, interpretarea şi dezvoltarea achiziţiilor de vârf din domeniul de doctorat. Competenţele generale au în vedere: dezvoltarea tehnicilor de cercetare şi aplicarea lor în contexte diferite şi specifice, construcţii teoretice, construcţii discursive de tip academic; asumarea responsabilităţii de a elabora un program de cercetare, spirit critic, creativitate, inventivitate. Abilităţile cognitive specifice presupun: identificarea de probleme noi şi abordarea lor prin cercetare, imaginaţie creativă şi combinativă, analiza critică şi interpretativă. În afara cunoştinţelor teoretice şi a unor disponibilităţi investigative proprii cercetătorului, doctorandul trebuie să stăpânească metodele cele mai noi şi procedeele practice, generale de cercetare şi redactare specifice elaborării unei lucrări ştiinţifice. De asemenea, rezultatele învățării vizează cunoștințe, abilități, precum și responsabilitate și autonomie și sunt corelate cu competențele profesionale și transversale.

Finalizarea studiilor se face prin susţinerea publică a unei teze de doctorat, în vederea obţinerii titlului ştiinţific de doctor în Teologie. Condiţiile obligatorii pe care trebuie să le îndeplinească o lucrare de doctorat sunt prevăzute în OMEC nr. 3018 din 29 ianuarie 2025 și în  Ghidul de elaboarare a tezelor de doctorat în Teologie, elaborat de Comisia Națională de Atestare a Titlurilor, Diplomelor și Certificatelor Universitare (CNATDCU).

În conformitate cu Ordinul ministrului educației și cercetării, nr. 3018 din 29 ianuarie 2025, în vederea acordării diplomei de doctor este necesară îndeplinirea standardelor minimale naționale necesare și obligatorii, între care, pentru susținerea publică a lucrării de doctorat, amintim următoarele:

• doctorandul are cel puțin trei publicații științifice în reviste indexate în bazele de date recunoscute în anexa nr. 32 din Ordinul ministrului educației și cercetării, nr. 3.019/2025, pentru aprobarea standardelor minimale naționale necesare și obligatorii pentru conferirea titlului de conferențiar și a celui de profesor din învățământul superior, precum și a atestatului de abilitare (Anexele nr. 1-3) ;
• în cazul revistelor cu o listă lungă de așteptare, se pot lua în considerare studiile care au fost acceptate spre publicare de către editorii revistei (cu prezentarea dovezii de accept), caz în care se va furniza un cod DOI identificabil;
• autorul a participat cu cel puțin două comunicări la manifestări științifice/școli de vară ale doctoranzilor (ca rezultate parțiale ale propriilor cercetări), iar acestea au fost publicate în volume colective, destinate acestor manifestări.

Şcoala Doctorală de Studii Interdisciplinare este acreditată de către CNATDCU, pe baza capacităţii ei instituţionale, a eficacităţii educative şi a managementului calităţii.